Aby se zabránilo šíření nákazy, některé z nehumánních experimentů se děly v podzemí. Výsledky nejnovějšího výzkumu byly nedávno publikovány v časopise Northern Cultural Relics.
Výzkumníci z Jednotky 731 porušovali lékařskou etiku podobným způsobem jako Josef Mengele v koncentračním táboře Auschwitz. Například nakazili zajatce tyfem nebo cholerou a pak je ještě zaživa pitvali, aby viděli vliv nemoci na tělo předtím, než nastane posmrtný rozklad. Na živých vězních také zkoumali účinky zbraní či infekčnost nemocí a později tato zjištění použili proti nepřátelům.